با رئیسجمهورشدن بنیصدر، ارتباط او با مسعود رجوی و شماری از اعضای سازمان منافقین گستردهتر شد و بنیصدر عملا به پلی تبدیل شد برای نفوذ اعضای این سازمان به بدنه دولت و نهادها تا حدی که عناصر منافقین در نهایت توانستند دفتر رئیسجمهور را در آن دوران در اختیار خود بگیرند. از ابتدای تابستان سال ۱۳۵۹ درگیری بنیصدر با اعضای محوری حزب جمهوری اسلامی شروع شد.