بیست سال است که همه فکر میکنند نئو مرده است. اما خودِ دیگر او به اسم توماس اندرسون دارد به زندگیاش ادامه میدهد. او هیچ چیز از دنیای ماتریکس و شخصیت نئو را به خاطر ندارد و قرصهای آبیای را که درمانگرش به او میدهد مصرف میکند. او گاهی مشاهدههایی رویاگونه دارد و بعد از ملاقات با تیفانی، کم کم همه چیز دوباره شروع میشود.